Το υποσύστημα Ε.Φ.Κ. υλοποιεί τις διαδικασίες που απαιτούνται για την παρακολούθηση της αποθήκευσης και διακίνησης των προϊόντων Ε.Φ.Κ. που τελούν υπό καθεστώς αναστολής των φόρων, καθώς και για την επιβολή και είσπραξη των αναλογούντων φόρων στους τομείς των εγχωρίως παραγόμενων, προερχόμενων από άλλα Κράτη-Μέλη ή εισαγόμενων προϊόντων που υπόκεινται σε Ειδικό Φόρο Κατανάλωσης (Αλκοολούχα - Καπνικά - Πετελαιοειδή), των οχημάτων που υπόκεινται σε Τέλη Ταξινόμησης. Επίσης το υποσύστημα Ε.Φ.Κ υλοποιεί τις απαιτήσεις του Κοινοτικού Συστήματος Excise Movement and Control System (E.M.C.S.), ανταλλαγής μηνυμάτων για την παρακολούθηση και τον έλεγχο της διακίνησης των προϊόντων που υπόκεινται σε Ε.Φ.Κ.