Η Τελωνειακή Υπηρεσία, υπαγόμενη στο Υπουργείο Οικονομικών οργανώνεται, με βάση το γαλλικό διοικητικό σύστημα, δίνοντας ιδιαίτερη έμφαση στον εισπρακτικό της ρόλο, χωρίς όμως να υποτιμάται ο ρόλος της στη δίωξη του λαθρεμπορίου. Η λειτουργία της στηρίζεται σε πρωτοπόρους για την εποχή θεσμούς, όπως η αποκέντρωση με τη σύσταση των Τελωνειακών Περιφερειών και η δημιουργία του νομοθετικού πλαισίου με την ψήφιση του Τελωνειακού Κώδικα (Ν. 1165/1918), ενός σπουδαίου νομοθετικού κειμένου, που στήριξε τις τελωνειακές διαδικασίες και εξυπηρέτησε το εμπόριο.

Με τη σύσταση του νεότερου Ελληνικού Κράτους οι πρώτοι θεσμοί που συστάθηκαν για την προάσπιση της εδαφικής του ακεραιότητας και τη διασφάλιση των απαραίτητων πόρων για τη λειτουργία του, υπήρξαν αφενός μεν ο τακτικός Στρατός και το Πολεμικό Ναυτικό, αφετέρου δε η Τελωνειακή Υπηρεσία. Στις 25/3/1833 ιδρύεται στη Σύρο το πρώτο Τελωνείο της Ελλάδας και δύο χρόνια αργότερα ακολουθούν τα Τελωνεία Πειραιά, Ύδρας, Πάτρας και Ναυπλίου. Η Τελωνειακή Υπηρεσία, επομένως, αποτελεί την αρχαιότερη ίσως Διοικητική Υπηρεσία του Ελληνικού Κράτους, η οποία σήμερα υπάγεται στο Υπουργείο Οικονομίας και Οικονομικών.

Η Τελωνειακή Υπηρεσία απέκτησε πολεμικά πλοία, τα οποία υπαγόμενα στη νέα Υπηρεσία με την ονομασία «Θαλάσσια Οικονομική Αστυνομία» (Θ.Ο.Α.) διενεργούσαν έλεγχο επί των πλοίων και φορτίων καθώς και δίωξη λαθρεμπορίου κατά θάλασσα. Στη συνέχεια, απέκτησε και άλλα πλοία με την ονομασία «Πλοία Δίωξης Λαθρεμπορίου» (Π.Δ.Λ.), τα οποία το 2004 παραχωρήθηκαν στο Λιμενικό Σώμα για την κάλυψη των αναγκών των Ολυμπιακών Αγώνων που πραγματοποιήθηκαν το ίδιο έτος στην Ελλάδα.

1951
 

H ελληνική Τελωνειακή Υπηρεσία αποτέλεσε ένα από τα 13 ιδρυτικά μέλη του Συμβουλίου Τελωνειακής Συνεργασίας (νυν Παγκόσμιος Οργανισμός Τελωνείων).

Θεωρείται έτος σταθμός για την ελληνική Τελωνειακή Υπηρεσία γιατί υπογράφεται η Συμφωνία Σύνδεσης μεταξύ της Ελλάδας και της νεοϊδρυθείσας τότε Ευρωπαϊκής Οικονομικής Κοινότητας (Ε.Ο.Κ.). Αξίζει να σημειωθεί ότι η Ελλάδα ήταν το πρώτο Κράτος που υπέγραψε Συμφωνία Σύνδεσης με την Ε.Ο.Κ. Οι διαπραγματεύσεις λήγουν επιτυχώς και στις 28 Μαϊου του 1979 υπογράφεται η Πράξη Προσχώρησης της Ελλάδας στην Ε.Ο.Κ., η οποία τίθεται σε ισχύ από την 1η Ιανουαρίου του 1981.

Η χρονιά αυτή που σηματοδοτήθηκε από την ενοποίηση του ευρωπαϊκού χώρου, αποτελεί το σημαντικότερο γεγονός στην ιστορία της Τελωνειακής Υπηρεσίας. Την 1η Νοεμβρίου 1993, τέθηκε σε ισχύ η Συνθήκη για την Ευρωπαϊκή Ένωση που υπεγράφη στο Μάαστριχτ . Με τη συνθήκη του Μάαστριχτ άλλαξε η ονομασία της Κοινότητας από «Ευρωπαϊκή Οικονομική Κοινότητα» (Ε.Ο.Κ.) σε «Ευρωπαϊκή Ένωση» (Ε.Ε.). Την ίδια χρονιά, ανατίθεται στην Τελωνειακή Υπηρεσία η αρμοδιότητα βεβαίωσης και είσπραξης των Ειδικών Φόρων Κατανάλωσης (Ε.Φ.Κ.), καθώς και η αρμοδιότητα για την παρακολούθηση της ενδοκοινοτικής κυκλοφορίας και ο έλεγχος των προϊόντων που υπόκεινται στο φόρο αυτό (αλκοολούχα, καπνικά, πετρελαιοδή). Έτσι, η Γενική Διεύθυνση Τελωνείων μετονομάζεται σε «Γενική Διεύθυνση Τελωνείων και Ειδικών Φόρων Κατανάλωσης».

Μετά την εκ βάθρων αλλαγή που επέφερε στην Τελωνειακή Υπηρεσία η ενιαία εσωτερική αγορά και η εφαρμογή του Κοινοτικού Τελωνειακού Κώδικα, ισχύει σήμερα ο νέος Εθνικός Τελωνειακός Κώδικας (Ν.2960/2001, όπως τροποποιήθηκε και ισχύει) και ήδη δρομολογούνται όλες οι αναγκαίες τροποποιήσεις για τη θέσπιση του νομικού πλαισίου που θα καθιερώσει ένα ηλεκτρονικό περιβάλλον τελωνειακών συναλλαγών (e-customs).

Η Γενική Διεύθυνση Τελωνείων και Ε.Φ.Κ. με τις επί μέρους επιτελικές Τελωνειακές Διευθύνσεις , τις Ειδικές Αποκεντρωμένες και Περιφερειακές Τελωνειακές Αρχές απαρτίζουν ένα σύνολο οργανικών μονάδων της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων Α.Α.Δ.Ε. που αποτελούν την «Τελωνειακή Υπηρεσία». Οι διατάξεις του Υπαλληλικού Κώδικα ισχύουν για τους τελωνειακούς υπαλλήλους, οι οποίοι όμως λόγω των ειδικών καθηκόντων τους, φέρουν στολή και έχουν δικαίωμα οπλοφορίας. Έχουν, επίσης, τις αρμοδιότητες και δικαιώματα των ειδικών ανακριτικών υπαλλήλων όσον αφορά στη διαπίστωση των αδικημάτων λαθρεμπορίας, δασμοφοροδιαφυγής ή οποιασδήποτε άλλης τελωνειακής παράβασης.