Τμήμα Α'
Διοικητικής και
Νομικής
Υποστήριξης

Τμήμα Β'
Δικαστικού και
Νομικής
Υποστήριξης

Τμήμα Γ'
Τελωνειακών
Διαδικασιών
και Ε.Φ.Κ.

Τμήμα Δ'
Δασμολογικών
Διαδικασιών
Ειδικών
Καθεστώτων
και Αξιών

Τμήμα Ε'
Αμοιβαίας
Συνδρομής και
Προστασίας
Δικαιωμάτων
Διανοητικής
Ιδιοκτησίας

Τμήμα ΣΤ'
Εποπτείας
Τελωνείων