Τμήμα Α'
Διοικητικής
Υποστήριξης

Τμήμα Β'
Δικαστικού
και
Νομικής
Υποστήριξης

Τμήμα Γ'
Τελωνειακών
Διαδικασιών
και ΕΦΚ

Τμήμα Δ'
Δασμολογικών
Διαδικασιών
Ειδικών
Καθεστώτων
και Αξιών

Τμήμα Ε'
Αμοιβαίας
Συνδρομής και
Προστασίας
Δικαιωμάτων
Διανοητικής
Ιδιοκτησίας

Τμήμα ΣΤ'
Εποπτείας
Τελωνείων