Τμήμα Α'
Διοικητικής
Υποστήριξης

Τμήμα Β'
Δικαστικού
και
Νομικής
Υποστήριξης

Τμήμα Γ'
Τελωνειακών
Διαδικασιών
και ΕΦΚ

Τμήμα Δ'
Δασμολογικών
Διαδικασιών
Ειδικών
Καθεστώτων
και Αξιών

Τμήμα Ε'
Εποπτείας
Τελωνείων