Κατόπιν της έκδοσης και κοινοποίησης στον φορολογούμενο των οριστικών πράξεων διορθωτικού προσδιορισμού φόρου και των πράξεων επιβολής προστίμων, αυτός έχει το δικαίωμα να υποβάλει ενδικοφανή προσφυγή, με αίτημα την επανεξέταση της πράξης που αμφισβητεί, στο πλαίσιο διοικητικής διαδικασίας, από τη Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών της Φορολογικής Διοίκησης, σύμφωνα με τα οριζόμενα στο άρθρο 63 του Κώδικα Φορολογικής Διαδικασίας (ν.4987/2022). Η αίτηση υποβάλλεται στη φορολογική αρχή που εξέδωσε την πράξη, εντός εξήντα (60) ημερών από την κοινοποίηση της πράξης στον φορολογούμενο κάτοικο εξωτερικού και πρέπει να αναφέρει τους λόγους και τα έγγραφα στα οποία ο τελευταίος βασίζει το αίτημά του. 

Περαιτέρω, κατά της απόφασης ή της σιωπηρής απόρριψης επί της ενδικοφανούς προσφυγής από τη Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών, ο φορολογούμενος δύναται εντός ενενήντα (90) ημερών να προσφύγει στα διοικητικά δικαστήρια σύμφωνα με τον Κώδικα Διοικητικής Δικονομίας (ν.2717/1999), η απόφαση των οποίων είναι δεσμευτική για τη Φορολογική Διοίκηση. Προσφυγή απευθείας στα διοικητικά δικαστήρια κατά οποιασδήποτε πράξης της φορολογικής αρχής για την οποία πρέπει να ασκηθεί ενδικοφανής προσφυγή είναι απαράδεκτη.