Τα βασικά δικαιώματα των φορολογουμένων έναντι της Φορολογικής Διοίκησης σχετικά με την επιβολή φόρων ή προστίμων κατόπιν της διενέργειας φορολογικού ελέγχου, είναι τα εξής: 

• Δικαίωμα υποβολής φορολογικής δήλωσης
• Δικαίωμα προηγούμενης ακρόασης
• Δικαίωμα πρόσβασης στον διοικητικό φάκελο
• Δικαίωμα ενδικοφανούς και δικαστικής προσφυγής